Het eerste dat onderzoekers moeten doen om DNA te manipuleren, is het uit de cel te halen. Dit kan op verschillende manieren worden gedaan, zoals extractie met fenol-chloroform, uitzouten of het gebruik van een DNA-extractiekit. Zodra het DNA is geëxtraheerd, kan het voor verschillende doeleinden worden gebruikt, zoals PCR-amplificatie, restrictie-enzymdigestie of genklonering.