De functiebasis van een microscoop is het onderdeel waarin de bedieningselementen van de microscoop zijn ondergebracht en dat de microscoop stabiliteit biedt. De functiebasis omvat doorgaans een aan/uit-schakelaar, intensiteitsregeling en focusknoppen. Het kan ook een podium bevatten, een platform waarop het monster wordt geplaatst, en een condensor, een lens die licht op het monster focust. De functionele basis heeft doorgaans een zware, stabiele basis die voorkomt dat deze beweegt wanneer de microscoop in gebruik is.