Water kan vervuild raken door een aantal bronnen, variërend van rioolwaterzuiveringsinstallaties en fabrieken tot mijnbouwactiviteiten, verharde wegen en afvoer van landbouwproducten, volgens het Amerikaanse Environmental Protection Agency. Watervervuiling heeft een breed scala aan effecten op het plantenleven en op het milieu in het algemeen. Vervuiling in water is niet alleen schadelijk voor de plantengroei, maar zorgt er ook voor dat planten gevaarlijke chemische stoffen uit het water kunnen opnemen en doorgeven aan dieren die erop vertrouwen om te overleven. Planten geven deze vervuilende stoffen ook door aan mensen die ze consumeren.
Gebladerte en schorsschade

Zure regen bevat zwavelzuur en salpeterzuur, dat boombladeren en schors kan beschadigen en de fijne wortelharen van veel planten kan beschadigen. Planten hebben deze fijne wortelharen nodig om water te absorberen, volgens Patchogue-Medford High School in New York. Zure regen is het resultaat van het mengen van verbindingen, zoals zwaveldioxide en stikstofoxiden met zuurstof, water en andere chemicaliën in de atmosfeer. Veel van de verbindingen die zure regen veroorzaken, zijn afkomstig van energiecentrales die fossiele brandstoffen verbranden, zoals steenkool, maar ook uitlaatgassen van bussen, vrachtwagens en auto's.
Fotosynthese Problemen

Watervervuiling door stoffen kan de fotosynthese verstoren in waterplanten, volgens Tropical-Rainforest-Animals.com. Fotosynthese is het proces waarbij planten de energie uit zonlicht gebruiken om suiker of glucose te produceren, door kooldioxide om te zetten in koolhydraten. Wanneer water echter verontreinigd is, wordt het vermogen van water om gassen zoals kooldioxide op te lossen negatief beïnvloed, meldt TutorVista.com. Omdat planten die in water of in watergeblogde grond groeien - ook wel hydrofyten genoemd - voor hun voortbestaan afhankelijk zijn van fotosynthese, kunnen interferentie in het fotosyntheseproces ze doden.
Bodemproblemen

Vervuild water in de grond wast eigenlijk de essentiële voedingsstoffen die planten nodig hebben uit de grond. Watervervuiling maakt de grond zuur en heeft een negatieve invloed op de oplosbaarheid van voedingsionen, zoals ijzer-, magnesium-, kalium- en calciumionen. Dientengevolge verwijdert water deze voedingsstoffen sneller uit de bodem en stuurt ze naar beken en meren, volgens de Cornell University in New York. Vooral calcium en magnesium zijn cruciaal voor een goede plantengroei. IJzer helpt planten bij het aanmaken van het pigmentchlorofyl - wat nodig is voor de vorming van voedsel - terwijl kalium planten helpt om water te gebruiken. Zonder deze voedingsstoffen worden planten vatbaarder voor droogte, schimmelinfecties en insecten. Watervervuiling laat ook grote hoeveelheden aluminium in de bodem achter, wat schadelijk kan zijn voor planten.