In de 19e eeuw was taxonomie - de classificatie van levende organismen - een en al woede in de biologie. [Ref. 1] Zowel amateur-als professionele naturalisten waren zo verwikkeld in de rage van het verzamelen en identificeren van wezens, zeldzame kevers waren hete handelswaar. [ref.2, ongeveer halverwege] Destijds was er weinig bekend over micro-organismen en hun plaats in de wereld van levende wezens, dus kregen ze niet zoveel aandacht. In de tussenliggende decennia is de kennis over microben enorm toegenomen, waarbij een deel van die toename wordt aangetoond door de efficiënte classificatie van micro-organismen.

Taxonomy

Taxonomie bestaat uit drie componenten: nomenclatuur, classificatie en identificatie. Nomenclatuur is eenvoudigweg het toewijzen van een naam aan een soort. Classificatie is het groeperen van soorten samen op basis van gedeelde kenmerken - waarvan sommige fysiek zijn, en sommige biochemisch. Identificatie gebruikt kenmerken van een organisme om te bepalen waar het thuishoort in een classificatieschema. Het moderne taxonomische schema heeft als zijn grootste, meest inclusieve groep de domeinen. De kleinste groep is de soort. Van de meest inclusieve tot de meest specifieke, lopen de niveaus als volgt: domein, koninkrijk, phylum, klasse, orde, familie, geslacht en soort. U bent bijvoorbeeld Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.

Micro-organismen en domeinen

Micro-organismen zijn zeer divers. Ze worden niet bepaald door een bepaald soort structuur of functie, maar eenvoudig door hun grootte. Micro-organismen zijn zo divers dat ze binnen alle drie de verschillende classificaties van het hoogste niveau vallen - alle drie de domeinen. Het ene domein is een bacterie, het andere is archaea en de finale is eukarya. Alle leden van de bacteriën en archaea-domeinen zijn eencellige micro-organismen. Het zijn beide cellen zonder membranen die hun genetisch materiaal scheiden van de rest van de cel - membranen die een kern definiëren. Alle koninkrijken, phyla, klassen, orden, families, geslachten en soorten binnen de bacteriën en archaea-domeinen zijn dus micro-organismen.

Protisten

Eukarya zijn organismen waarvan de cellen een kern bevatten. Veel eukaryote organismen zijn eencellige micro-organismen, maar vele anderen - zoals redwood bomen, of jij - zijn dat niet. Dus aanvullende classificaties zijn noodzakelijk. Het koninkrijk Protista binnen het domein Eukarya is samengesteld uit alleen eencellige micro-organismen. De protisten zijn verdeeld in drie verschillende groepen van phyla: vier verschillende phyla-algen, vier verschillende protozoa-phyla en twee verschillende schimmel-phyla. Maar alle organismen binnen deze phyla - allemaal binnen het koninkrijk Protista - zijn micro-organismen.

Schimmels

De koninkrijkschimmels zijn vervat in het domein Eukarya. Sommige van de phyla in de schimmels bevatten micro-organismen. Bijvoorbeeld, de phylum Zygomycota bevat microscopische broodvormen en de phylum Ascomycota bevat gisten en microbiële gewasplagen en -parasieten. Korstmossen zijn een symbiotische verzameling van een schimmel en een fotosynthetisch organisme - gedeeltelijk vervat in de koninkrijkschimmels en deels in andere koninkrijken, of zelfs andere domeinen.