Bossen spelen een belangrijke rol bij het beschermen van de integriteit van watersystemen. Bosoogst kan de fysische en biologische eigenschappen van stroomgebieden drastisch veranderen, waardoor vegetatieve buffers worden verwijderd die het oppervlaktewater beschermen tegen de elementen en de beweging van water veranderen. Andere activiteiten die verband houden met houtkap, zoals de toepassing van kunstmest en pesticiden, en de afvalverwijderingspraktijken van pulp-papierfabrieken, dragen ook bij tot watervervuiling. Het Amerikaanse Environmental Protection Agency meldt dat het gebruik van de beste managementpraktijken door de industrie de afgelopen decennia de watervervuiling heeft verminderd, maar dat vervuiling een groot probleem blijft.

Sediment en stroming

Bosplanten helpen bij het reguleren van water stromen in oppervlaktewater. Water wordt door plantenwortels uit de grond opgenomen en uit bladeren in de atmosfeer vrijgemaakt - een proces dat bekend staat als verdamping. De wortels van planten binden ook de grond en beschermen deze tegen erosie. Regenwater en gesmolten sneeuwafvoer ongehinderd vanuit geoogste gebieden, waardoor een hogere basisstroom wordt veroorzaakt en de kans op overstromingen toeneemt. Onbeschermde grond wordt gemakkelijk in water gewassen en bodemverstoring door andere activiteiten, zoals wegenaanleg, kan dit probleem verergeren. Deze resultaten kunnen verwoestende effecten hebben op in het water levende organismen die een aangepaste levensstijl hebben aangepast aan natuurlijke stroom- en sedimentregimes. Hoge stromen tijdens het paaiseizoen kunnen bijvoorbeeld viseieren wegspoelen die op de bodem van de stroom zijn gelegd. Veel ongewervelde waterdieren hebben grind of zand nodig om in te leven en zullen modderige stroombodems niet verdragen. Hoge stroming en slechte waterhelderheid kunnen ook van invloed zijn op het vermogen van vissen en ongewervelde dieren om prooien te vangen. Problemen veroorzaakt door erosie zijn niet beperkt tot zoetwaterhabitats, omdat sediment stroomafwaarts reist en zich verzamelt in estuaria.

Chemische verontreiniging

Anorganische meststoffen en synthetische pesticiden worden vaak gebruikt door houtbewerkingen om de boomgroei te verbeteren . Deze stoffen worden meestal per helikopter verspreid, een methode die kan leiden tot overmatige toediening en directe verontreiniging van oppervlaktewateren. Kunstmeststoffen bevorderen de overmatige groei van algen en planten in het water. Zuurstof in het water raakt uitgeput wanneer grote hoeveelheden plantaardig materiaal door bacteriën worden afgebroken. Vissen en ongewervelde waterdieren ervaren fysiologische stress bij zuurstofarme omstandigheden, waarbij sommige soorten - zoals forel, zalm en eendagsvliegen - gevoeliger zijn dan andere soorten. Een tweede bron van chemische verontreiniging is het effluent dat wordt geproduceerd door pulpfabrieken. Molens zijn nodig om hun afval te behandelen, maar de effectiviteit van behandelingsfaciliteiten bij het verwijderen van verontreinigingen varieert. Afvalwater van de molen bevat grote hoeveelheden voedingsstoffen en organische stoffen. Molenafval en pesticiden bevatten organische chemicaliën, zoals dioxines en benzeen, die giftig zijn voor waterorganismen. Effecten zijn onder meer weefselbeschadiging, voortplantings- en ontwikkelingsproblemen, immuundeficiëntie, verminderde groei en door vrouwen vooringenomen geslachtsverhoudingen.

Lichte vervuiling

De hoeveelheid zonlicht die oppervlaktewateren bereikt, neemt dramatisch toe wanneer er aangrenzende bomen zijn geoogst. Zonlicht laat algen en planten overvloedig groeien, wat leidt tot problemen met zuurstofuitputting, en zorgt ervoor dat de watertemperatuur stijgt. Warm water is minder geschikt om zuurstof vast te houden dan koud water, dus ook dit kan het niveau van opgeloste zuurstof in het water verminderen. Koud-aangepaste vissoorten, zoals forel, worden zwaar getroffen door hoge watertemperaturen. Zelfs een kleine temperatuurstijging versnelt het vismetabolisme, waardoor de energievereisten toenemen. Verhoogde metabole vraag kan de groei van vissen verminderen, omdat veel bosstromen en meren onvoldoende prooi bevatten om de hogere vraag naar voedsel te compenseren. Het behouden van bosbuffers van 10 of meer meter rond het oppervlaktewater helpt hen te beschermen tegen licht- en temperatuureffecten.

Verlies van hulpbronnen

Aquatische ecosystemen in beboste stroomgebieden zijn sterk afhankelijk van hulpbronnen die van de omliggende bos. Veel ongewervelde waterdieren voeden zich met gevallen bladeren, organische deeltjes en hout, en drijfvoedende vissen zijn sterk afhankelijk van vallende terrestrische ongewervelde dieren als voedselbron. Gevallen boomstammen vormen een vitale habitat voor vele waterwezens. De oogst van het omliggende bos heeft gemengde effecten op waterorganismen. Zo heeft bosopruiming voordelen voor ongewervelde dieren die zich voeden met algen, terwijl organismen die afhankelijk zijn van bladeren, hout en terrestrische prooien, negatief kunnen worden beïnvloed door veranderingen in voedselbeschikbaarheid op korte termijn. Bladverliezende plantensoorten herstellen binnen de eerste paar jaar na de oogst, maar bomen die andere materialen leveren, zoals naaldboomnaalden en grote boomstammen, hebben tientallen jaren nodig om opnieuw te worden opgericht.