* helium-4 (⁴he) is de meest voorkomende isotoop, die bijna al het helium op natuurlijke wijze heeft gevonden. Het heeft twee protonen en twee neutronen.

* helium-3 (³HE) is veel zeldzamer en bevat twee protonen en slechts één neutron.

Beide isotopen van helium zijn stabiel, wat betekent dat ze niet vervallen in andere elementen. Ze hebben echter enigszins verschillende eigenschappen vanwege het verschil in hun neutronen.