Ontziltingsinstrumenten zelf hoeven niet met water te worden gereinigd, omdat hun functie het verwijderen van zout en andere onzuiverheden uit water is. In plaats daarvan moet de nadruk liggen op het onderhouden en reinigen van de voorfilters, membranen en nabehandelingssystemen die worden gebruikt bij ontziltingsprocessen om een ​​efficiënte en effectieve ontzilting te garanderen.