Patiënten willen hun medische gegevens inzien. Onderzoekers willen hun data delen.

Nutsvoorzieningen, wetenschappers van Scripps Research hebben een nieuwe technologie uitgebracht die is ontworpen om deze metingen gemakkelijker uit te voeren en toegankelijker te maken voor beoefenaars, wetenschappers en het grote publiek.

"Dit gaat echt over het delen van gegevens en het versnellen van het ontdekkingsproces, " zegt Gary Siuzdak, doctoraat, professor bij Scripps Research en co-corresponderende auteur van het nieuwe XCMS/METLIN open data-analyseplatform, onlangs gepubliceerd in Natuurmethoden .

XCMS-MRM en METLIN-MRM vertegenwoordigen een cloudgebaseerd analyseplatform waarmee wetenschappers moleculen uit biologische monsters kunnen kwantificeren en hun resultaten openbaar beschikbaar kunnen maken.

"Als we zeggen 'publiekelijk beschikbaar, 'we menen het. Iedereen met een computer zou toegang hebben, ', zegt Siuzdak.

geregisseerd door Siuzdak, het Centrum voor Metabolomics en Massaspectrometrie bij Scripps Research is gespecialiseerd in het gebruik van een techniek genaamd massaspectrometrie om kleine moleculen te identificeren en te kwantificeren, of het nu medicijnen of natuurlijk voorkomende metabolieten zijn. Metabolieten zijn van cruciaal belang omdat ze interageren met elk niveau van iemands fysiologie:het genoom, transcriptoom en het proteoom. Je zou kunnen zeggen dat metabolieten meesterlijke manipulatoren van de fysiologie zijn en de gezondheidssignatuur van een individu weerspiegelen.

Tienduizenden laboratoria over de hele wereld genereren gegevens met behulp van massaspectrometrie, dus het platform kan ook buiten de geneeskunde nuttig zijn, zeg studie eerste auteurs Xavier Domingo-Almenara, doctoraat, en J. Rafael Montenegro-Burke, doctoraat, van Scripps-onderzoek. Elk veld dat massaspectrometrie gebruikt, kan profiteren van deze nieuwe bronnen, zoals milieuwetenschappen, geneesmiddelen, forensisch, voedselcontrole en sportgeneeskunde, ze voegen toe.

Siuzdak en zijn collega's streven er al lang naar om hun onderzoekstools gratis en open te houden voor het publiek. Paul Benton, doctoraat, bioinformatica-analist bij Scripps Research en co-corresponderende auteur van de studie, legt uit dat het hosten van hun platform in de cloud iedereen, van medewerkers tot patiënten, om de geldigheid van de massaspectrometrieresultaten te controleren. "In een tijd waarin wetenschappelijke resultaten voortdurend in twijfel worden getrokken, open data is een essentieel onderdeel geworden van het ontdekkingsproces, ', zegt Benton.

Het idee van open data delen is de laatste jaren aangeslagen. Sinds de lancering in 2004, het XCMS/METLIN-platform is uitgegroeid tot meer dan 25, 000 gebruikers, en de moleculen in de gegevensopslag zijn gesprongen van 14, 000 tot 150, 000 in het afgelopen jaar, mede dankzij een samenwerking met Calibr, een divisie van Scripps Research.

De nieuwe bronnen profiteren van doorbraken die wetenschappers in staat stellen het onderzoek te versnellen - en de precisie te vergroten - door de belangrijkste fragmenten te identificeren van een molecuul dat het onderscheidt.

"Er is niets anders dat zelfs maar in de buurt komt, ' zegt Siuzdak.

De studie, "XCMS-MRM en METLIN-MRM:een cloudbibliotheek en openbare bron voor gerichte analyse van kleine moleculen, " inclusief extra auteurs van de Universiteit van Lausanne; Lausanne University Hospital, Universitaire Ziekenhuizen van Genève; Umeå University en Imperial College London.