Eiwitten bewegen voortdurend en veranderen hun conformatie. Moleculaire dynamica geeft typisch antwoord op de vraag wat de mogelijke conformaties van eiwitten zijn. eiwitten, echter, een zeer gecompliceerde en overvolle structuur hebben, en het begrijpen van de veranderingen in hun gedrag is een uitdagende taak vanwege het grote aantal te bewaken coördinaten. Bij het verwerken van de grote hoeveelheid moleculaire gegevens komt vaak creatieve 3D-visualisatie voor, maar zelfs met veel moeite, belangrijke details kunnen worden gemist. Dit leidde tot een tweeledig probleem; datavisualisatie was niet alleen een uitdaging, maar wetenschappers liepen ook het risico aspecten van hun eigen resultaten over het hoofd te zien. Een nieuwe tool genaamd CONAN (CONtact ANAlysis), ontwikkeld vanuit de "Molecular Biomechanics" bij HITS, kan deze problemen verlichten door deze 3D-gegevens te comprimeren tot eenvoudigere 2D-beelden die de belangrijkste interacties vastleggen, benoemde contactkaarten.

Contactkaarten meten afstanden tussen residu's, waardoor 3D-structuren worden gecomprimeerd tot 2D-beelden. Dit vergemakkelijkt vaak de interpretatie van gegevens en maakt belangrijke wijzigingen gemakkelijker te herkennen. Deze contactkaarten zijn meestal alleen gebruikt om afzonderlijke eiwitstructuren te bestuderen als een enkele momentopname, maar in feite kunnen ze voor veel constructies gemakkelijk worden verkregen, resulterend in een contactkaartfilm. Deze analyse breidt op de een of andere manier het gezegde "een cijfer zegt meer dan 1000 woorden" uit naar het dynamische regime, omdat het een groot aantal mogelijke snapshots van contactkaarten uit één simulatie creëert, het identificeren van conformationele subpopulaties en overgangen.

Tot nu, op contactkaarten gebaseerde analysemethoden zijn alleen op grote schaal gebruikt om afzonderlijke structuren te begrijpen, zoals die in de eiwitdatabase (PDB). Zelfs wanneer de methoden werden gegeneraliseerd voor dynamische simulaties, de implementaties waren vaak verschillende "ad hoc" analysescripts, omdat er geen gestandaardiseerd hulpmiddel was. Dit betekende dat de gemeten grootheden en definities inconsistent waren en de resultaten niet direct vergelijkbaar waren. De nieuwe tool "CONAN" is echter een gestandaardiseerde, gebruiksvriendelijk pakket dat verschillende soorten analyses mogelijk maakt, bijvoorbeeld inclusief hoofdcomponentenanalyse en clusteranalyse.

De tool ontwikkeld door de HITS-onderzoekers Csaba Daday en Frauke Gräter van de groep Molecular Biomechanics en voormalig groepslid Davide Mercadante vult daarom een ​​leemte op en biedt een uitgebreide, gebruiksvriendelijk programma dat geen programmeerervaring vereist en dat wetenschappers kan helpen bij het uitvoeren van moleculaire dynamische berekeningen om hun gegevens te begrijpen en te presenteren. Hopelijk, dit zal leiden tot een meer wijdverbreid gebruik van deze maatregelen, en een meer uniforme reeks definities. De tool is open access en gratis te gebruiken. Het team van HITS optimaliseert ook voortdurend de software en staat open voor feedback van de community.