Met behulp van uitgebreide eDNA-analyse in combinatie met traditionele methoden voor collectieonderzoek, Japanse onderzoekers hebben de broedplaats van ernstig bedreigde vissoorten Acheilognathus typus geïdentificeerd in de hoofdstroom van de Omona-rivier in de prefectuur Akita, Japan. De bevindingen werden op 14 november gepubliceerd in de online editie van De wetenschap van de natuur – Natuurwissenschaften .

Het onderzoeken van waterorganismen is een langdurig en arbeidsintensief proces, en het bestrijken van een groot gebied brengt ook hoge kosten met zich mee. Omgevings-DNA (eDNA)-analyse biedt een oplossing voor deze problemen. In onderwateromgevingen zoals meren, stuwmeren en rivieren, we kunnen DNA-fragmenten vinden die in het water drijven van uitwerpselen, huid of enige andere bron van in het water levende organismen. Analyse van eDNA is vooral effectief voor zeldzame soorten zoals A. typus, die moeilijk te vinden is met traditionele onderzoeksmethoden vanwege de lage bevolkingsdichtheid. In dit onderzoek, het onderzoeksteam voerde een uitgebreid eDNA-onderzoek uit, gevolgd door een traditioneel verzamelonderzoek om de nieuwe broedhabitat van A. typus in de Omona-rivier te vinden, Prefectuur Akita, Japan.

In augustus 2016 heeft het team drie dagen lang oppervlaktewatermonsters verzameld op 99 locaties, over 112 km van de Omono-rivier, en geëxtraheerd eDNA uit de monsters. Ze hebben het DNA gemeten met een specifiek detectiesysteem voor A. typus. Na dit, ze plaatsten vaste netten en flessenvallen op plaatsen waar het eDNA was gedetecteerd en bevestigden de aanwezigheid van volwassen vissen. Het team gebruikte ook tweekleppigen (waar A. typus eieren legde) om te bevestigen dat ze aan het broeden waren.

Op de 99 onderzochte locaties van de Omono-rivier, A. typus eDNA is op 2 plaatsen gevonden, en op een van deze locaties heeft het team een ​​mannelijk en een vrouwelijk exemplaar gevangen. Eieren werden gevonden in de tweekleppige op dezelfde plaats, zodat ze het met succes konden identificeren als de broedplaats van A. typus.

Deze bevindingen tonen aan dat in termen van kosten en betrouwbaarheid, een combinatie van eDNA-analyse en traditionele verzamelmethoden is zeer effectief bij het identificeren van de habitats en broedgebieden van zeldzame soorten. De methoden vullen elkaar aan:de eDNA-methode is geschikt voor het inmeten van grote gebieden, terwijl het verzamelen van monsters zeer betrouwbaar is voor het bevestigen van soorten. Deze combinatie van methoden zou kunnen helpen om deze soort in stand te houden door meer broedgebieden te vinden en beschermde gebieden in te stellen. Het kan ook worden gebruikt voor andere zeldzame en bedreigde soorten met een lage bevolkingsdichtheid verspreid over een groot gebied.