1. onvermogen om van toepassing te zijn op aseksuele organismen: Het concept van biologische soorten definieert een soort als een groep organismen die kunnen inspecteren en vruchtbare nakomelingen kunnen produceren. Aseksuele organismen, zoals bacteriën en sommige planten, reproduceren zich zonder paren, dus dit concept is niet van toepassing op hen. Het bepalen van soortengrenzen in deze organismen vereist andere methoden zoals genetische analyse.

2. Moeilijkheden in toepassing op hybridiserende soorten: Sommige soorten kunnen kruisen en vruchtbare nakomelingen produceren, ook al worden ze beschouwd als verschillende soorten. Dit is gebruikelijk in planten en komt ook voor bij sommige dieren. De grijze wolf en de coyote kunnen bijvoorbeeld kruisen, waardoor het een uitdaging is om het concept van biologische soorten in deze gevallen toe te passen. Deze dubbelzinnigheid kan leiden tot onenigheid over waar de ene soort eindigt en de andere begint.