Hij voerde een reeks beroemde experimenten uit in de jaren 1860, met behulp van zwanenhalsflessen. Deze experimenten hebben overtuigend aangetoond dat:

* Micro-organismen genereren niet spontaan uit niet-levende materie.

* Het leven kan alleen voortkomen uit reeds bestaande leven.

Het werk van Pasteur weerlegde de heersende theorie van spontane generatie en bood sterke ondersteuning voor de biogenese theorie.