Homologe chromosomen zijn een paar chromosomen, één geërfd van elke ouder, die dezelfde genen delen op dezelfde loci (locaties op het chromosoom). Hoewel ze dezelfde genen, de specifieke versies of allelen van die genen dragen, kunnen van die genen verschillen tussen de twee chromosomen. Dit betekent dat homologe chromosomen de genetische informatie dragen voor dezelfde eigenschappen, maar misschien verschillende instructies hebben voor die eigenschappen.