1. Locatie:

- Prokaryoten: Transcriptie treedt op in het cytoplasma, omdat prokaryoten een kern missen.

- eukaryoten: Transcriptie vindt plaats in de kern, waar het DNA is gehuisvest.

2. RNA -verwerking:

- Prokaryoten: MRNA wordt rechtstreeks uit de DNA -sjabloon geproduceerd en kan onmiddellijk in eiwitten worden vertaald. Er is minimale RNA -verwerking.

- eukaryoten: Het initiële transcript, pre-mRNA genoemd, ondergaat een significante verwerking voordat het kan worden vertaald. Dit omvat:

* Aftappen: Toevoeging van een 5 'dop om het mRNA te beschermen tegen afbraak en hulp bij ribosoombinding.

* splicing: Verwijdering van niet-coderende regio's die introns worden genoemd.

* polyadenylering: Toevoeging van een poly-A staart aan het 3 'uiteinde voor stabiliteit en exporteren vanuit de kern.

3. Transcriptiefactoren:

- Prokaryoten: Transcriptie wordt geregeld door een enkel RNA -polymerase en enkele transcriptiefactoren die direct binden aan het promotorgebied van het gen.

- eukaryoten: Transcriptie wordt gereguleerd door meerdere RNA -polymerasen (I, II en III), en een complex samenspel van transcriptiefactoren (algemeen en specifiek) die binden aan de promotor- en versterkergebieden van het gen. Dit zorgt voor meer precieze en uitgebreide controle van genexpressie.