Er zijn echter enkele belangrijke verschillen in hun functie en structuur tussen de twee:

* dieren: Lysosomen zijn prominenter en spelen een cruciale rol bij het afbreken van cellulair afval, buitenlandse indringers en versleten organellen. Ze zijn ook betrokken bij geprogrammeerde celdood (apoptose).

* planten: Planten hebben structuren genaamd vacuoles die groter en prominenter zijn dan lysosomen. Hoewel vacuolen veel functies hebben, waaronder opslag en turgordruk, kunnen ze zich ook als lysosomen werken, cellulair afval afbreken en enzymen opslaan. Plantencellen hebben echter ook lysosomen, die kleiner en minder prominent zijn dan vacuolen.

Dus hoewel zowel dieren- als plantencellen lysosomen hebben, zijn ze niet noodzakelijkerwijs identiek in hun functie en grootte.