In 1665 gebruikte hij een microscoop om een dun stuk kurk te observeren en merkte hij kleine, doosachtige compartimenten op die hij "cellen" noemde omdat ze hem aan de cellen van een klooster deden denken.

Hoewel Hooke niet echt levende cellen zag, legde zijn ontdekking de basis voor de ontwikkeling van de celtheorie, waarin staat dat alle levende organismen uit cellen zijn samengesteld.