Deze classificatie was gebaseerd op het feit dat beide groepen prokaryotisch zijn, wat betekent dat ze een kern missen en andere membraangebonden organellen. Verder onderzoek onthulde echter significante verschillen in hun celstructuren, biochemie en genetica, wat leidde tot de scheiding van eubacteriën (nu eenvoudig bacteriën) en archaebacteriën (nu eenvoudig Archaea) in afzonderlijke koninkrijken.