Science >> Wetenschap >  >> Biologie

Waarom moet geëxtraheerde DNA gefragmenteerd zijn?

Geëxtraheerd DNA is om verschillende redenen gefragmenteerd, afhankelijk van de specifieke toepassing. Hier zijn enkele veel voorkomende redenen:

1. Sequencing:

* Sequencing van de volgende generatie (NGS): Het fragmenteren van DNA in kleinere stukken is essentieel voor NGS -technologieën. Dit komt omdat deze technologieën alleen relatief korte fragmenten kunnen sequentie (meestal 100-500 basenparen). Fragmentatie zorgt voor efficiënte sequencing van het gehele genoom.

* Sanger -sequencing: Hoewel niet zo gebruikelijk als NGS, vereist Sanger -sequencing ook vaak gefragmenteerd DNA. Dit komt omdat de sequentiereactie het beste werkt met kleinere DNA -fragmenten.

2. Microarrays:

* genoombrede associatiestudies (GWAS): Fragmenterend DNA maakt het mogelijk om enkelstrengige probes te creëren die kunnen worden gehybridiseerd met microarrays. Deze microarrays kunnen vervolgens worden gebruikt om genetische variaties te identificeren die geassocieerd zijn met ziekten of andere eigenschappen.

3. Bibliotheekvoorbereiding voor sequencing:

* Bibliotheekvoorbereiding: Fragmentatie is een cruciale stap in de voorbereiding van de bibliotheek voor sequencing. Het zorgt ervoor dat het DNA de juiste grootte is voor sequencing en zorgt voor de toevoeging van benodigde adapters.

4. Beperking Enzym Digestie:

* genetische mapping: Fragmentatie van DNA met behulp van restrictie -enzymen kan worden gebruikt om een ​​genetische kaart te maken. Beperkingsenzymen snijden DNA bij specifieke sequenties en creëren unieke fragmenten die kunnen worden gebruikt om de locatie van genen op chromosomen te identificeren.

5. Polymerase kettingreactie (PCR):

* PCR -amplificatie: Hoewel PCR niet altijd fragmentatie vereist, is het doel -DNA soms te lang om efficiënt te versterken. Fragmentatie zorgt voor kleinere, beter beheersbare stukken die effectiever kunnen worden versterkt.

6. Elektroforese:

* gelelektroforese: Fragmenterend DNA maakt scheiding mogelijk op basis van grootte. Dit is handig voor het analyseren van DNA -monsters en het identificeren van specifieke fragmenten.

7. Andere toepassingen:

* klonen: Fragmentatie kan worden gebruikt om specifieke DNA -sequenties voor klonering te isoleren.

* Gene bewerking: Fragmentatie wordt soms gebruikt in genbewerkingstechnieken om specifieke veranderingen in het genoom te introduceren.

Samenvattend is fragmenterend DNA een veel voorkomende techniek die wordt gebruikt in veel moleculaire biologietoepassingen. Het zorgt voor efficiëntere analyse, sequencing en manipulatie van DNA, wat leidt tot een beter begrip van genetische informatie.