De eerste eukaryotische cellen verschijnen in het fossiele record rond 2,7 miljard jaar geleden (BYA) . Deze vroege eukaryoten waren waarschijnlijk eencellige organismen en worden vertegenwoordigd door fossielen van acritarchs , dat zijn organisch muurde microfossielen van onzekere biologische affiniteit.

Er is echter bewijs dat suggereert dat eukaryoten al eerder zijn geëvolueerd, mogelijk rond 3,5 bya . Dit bewijs komt uit:

* Biomarker -analyse: Specifieke moleculen gevonden in oude rotsen suggereren de aanwezigheid van eukaryotische-achtige organismen, zelfs vóór het eerste fossiele bewijs.

* Genetische analyse: Vergelijkingen van genetisch materiaal tussen verschillende organismen duiden op een veel oudere oorsprong voor eukaryoten.

Daarom, terwijl het eerste concrete fossiele bewijs van eukaryotische cellen dateert uit 2.7 BYA , hun oorsprong kan veel eerder zijn, waarschijnlijk tussen 3,5 en 2,7 bya .