Het is belangrijk om te begrijpen dat "eubacteriën" een brede term is die verwijst naar een grote en diverse groep bacteriën. Het is niet nauwkeurig om te zeggen dat eubacteriën als geheel een specifiek type symbiotische relatie hebben.

In plaats daarvan kunnen individuele soorten eubacteriën verschillende soorten symbiotische relaties hebben:

* mutualisme: Zowel de bacterie als de gastheeruitkering. Bijvoorbeeld, stikstofbevorderende bacteriën in plantenwortels bieden stikstof voor de plant, terwijl de plant een habitat en voedingsstoffen voor de bacteriën biedt.

* Commensalisme: Het ene organisme profiteert, terwijl het andere noch geschaad of geholpen is. Sommige bacteriën leven bijvoorbeeld op onze huid zonder schade aan te richten of een bepaald voordeel aan ons te bieden.

* Parasitisme: Het ene organisme profiteert ten koste van het andere. Pathogene bacteriën veroorzaken bijvoorbeeld ziekte bij hun gastheren.

Daarom moeten we, om het type symbiotische relatie te bepalen dat een specifiek eubacterium heeft, rekening houden met de specifieke soorten en de interactie ervan met zijn gastheerorganisme.