Dat is een geweldige vraag! Endonucleasen snijden DNA niet echt "tussen" de 5 'en 3' uiteinden. Ze snijden in het DNA -streng zelf en hun activiteit wordt bepaald door de volgorde van bases die ze herkennen. Dit is waarom:

* DNA -structuur: DNA is een dubbele helix bestaande uit twee antiparallelle strengen. De ene streng loopt 5 'tot 3' en de andere loopt 3 'tot 5'.

* doelen van endonucleases: Endonucleasen zijn enzymen die de fosfodiester -bindingen in een DNA -streng breken. Ze hebben specifieke herkenningssites, die korte reeksen basen zijn.

* specificiteit van snijden: Een endonuclease zal alleen maar op zijn erkenningslocatie snijden, ongeacht de totale richting van 5 'tot 3' directionaliteit van de DNA -streng.

Hier is een vereenvoudigd voorbeeld:

Stel je voor dat een endonuclease de volgorde "Gaattc" herkent. Het zal in deze reeks snijden, ongeacht of de streng die het handelt de 5 'tot 3' streng of de 3 'tot 5' streng is.

Samenvattend: Endonucleasen snijden niet "tussen" de 5 'en 3' uiteinden van het DNA -molecuul. Ze snijden * binnen * de streng bij specifieke sequenties die ze herkennen. Hun actie wordt bepaald door de basisserte en niet door de directionaliteit van de DNA -streng.