In de context van restrictie-enzymen is een palindroom een ​​reeks nucleotiden die op beide DNA-strengen hetzelfde voorwaarts en achterwaarts lezen. Deze palindroomsequenties dienen als herkenningsplaatsen voor specifieke restrictie-enzymen, dit zijn eiwitten die de DNA-skelet op of nabij hun doelsequenties splitsen.

Elk restrictie-enzym herkent en knipt een specifieke palindroomsequentie. Het algemeen gebruikte restrictie-enzym EcoRI bindt bijvoorbeeld aan de palindroomsequentie 5'-GAATTC-3' en splitst deze. De twee DNA-strengen hebben de volgende complementaire sequenties op de EcoRI-plaats:

Bovenste streng:5'-...G AATTC... =...CTTAA G...-3'

Onderste streng:3'-...C TTAA G... =...GAATTC...-5'

Het palindroom is duidelijk zichtbaar in de complementaire sequenties. Wanneer het DNA wordt gesplitst door EcoRI, zullen de twee resulterende kleverige uiteinden ook palindroom zijn, waardoor gemakkelijke ligatie aan andere restrictiefragmenten met compatibele overhangen mogelijk wordt.

Bovendien splitsen sommige restrictie-enzymen de DNA-streng binnen de herkenningssequentie, terwijl andere een paar nucleotiden wegknippen van de plaats. Deze eigenschap leidt bij de spijsvertering respectievelijk tot stompe uiteinden of samenhangende uiteinden (ook bekend als "plakkerige uiteinden"). Het begrijpen van de palindroomherkenning en het splitsingspatroon van restrictie-enzymen is cruciaal voor het manipuleren en analyseren van DNA in genetische manipulatie en biotechnologische toepassingen.