Prokaryotische cellen hebben geen membraangebonden organellen, dus ze hebben niet veel van de structuren die voorkomen in eukaryotische cellen. Ze beschikken echter wel over de volgende structuren:

* Celmembraan: Het celmembraan is een dubbellaag van fosfolipiden die de cel omringt en de beweging van materialen in en uit de cel regelt.

* Cytoplasma: Het cytoplasma is de gelachtige substantie die de cel vult en alle celorganellen bevat.

* Ribosomen: Ribosomen zijn de organellen die eiwitten produceren.

* DNA: DNA is het molecuul dat de genetische informatie van de cel opslaat.

* Plasmide: Plasmiden zijn kleine, cirkelvormige DNA-moleculen die genen dragen die niet essentieel zijn voor groei.

* Flagellum en Pili: Flagellum zijn lange, zweepachtige structuren die de cel helpen bewegen. Pili zijn korte, haarachtige structuren die de cel helpen zich aan oppervlakken te hechten.

* Capsule: Sommige prokaryote cellen hebben een capsule, een kleverige laag polysachariden die de cel omringt en deze helpt beschermen tegen de omgeving.

* Glycocalyx :Glycocalyx is een laag koolhydraten die de buitenkant van het celmembraan bedekt en verantwoordelijk is voor celadhesie en bescherming.

* Inclusie-instanties: Inclusielichamen zijn structuren waarin voedingsstoffen en andere materialen worden opgeslagen.