Het deel van een enzym dat zich aan het substraat bindt, wordt de actieve plaats genoemd. De actieve plaats is een specifiek gebied van het enzym dat verantwoordelijk is voor het katalyseren van de chemische reactie die het enzym uitvoert. De actieve plaats bevat aminozuurresiduen die een interactie aangaan met het substraat en de reactie vergemakkelijken. Deze aminozuurresiduen zijn op een specifieke manier gerangschikt om een ​​zak of spleet te creëren die complementair is aan het substraat. Het substraat bindt zich aan de actieve plaats via verschillende soorten interacties, zoals waterstofbinding, ionische binding, van der Waals-krachten en hydrofobe interacties. De binding van het substraat aan de actieve plaats induceert conformationele veranderingen in het enzym, waardoor de katalytische groepen van het enzym dicht bij het substraat komen. Hierdoor kan het enzym de chemische reactie katalyseren en het substraat omzetten in producten.