Het belangrijkste verschil tussen eukaryoten en prokaryoten is dat eukaryoten een kern en membraangebonden organellen hebben, terwijl prokaryoten dat niet hebben. Bijkomende verschillen zijn onder meer:

- Grootte:Eukaryoten zijn doorgaans groter dan prokaryoten.

- Complexiteit:Eukaryoten zijn complexer dan prokaryoten, met een hoger organisatieniveau.

- DNA:Bij eukaryoten is het DNA georganiseerd in meerdere chromosomen, terwijl bij prokaryoten één enkel circulair chromosoom bestaat.

- Voortplanting:Eukaryoten planten zich seksueel voort, terwijl prokaryoten zich ongeslachtelijk voortplanten.

- Energieproductie:Eukaryoten produceren energie door aerobe ademhaling, terwijl prokaryoten energie kunnen produceren door aerobe ademhaling of fermentatie.

- Mobiliteit:Eukaryoten kunnen mobiel of zittend zijn, terwijl prokaryoten doorgaans mobiel zijn.

- Habitat:Eukaryoten kunnen in alle omgevingen worden aangetroffen, terwijl prokaryoten in een groter aantal omgevingen voorkomen, inclusief extreme omgevingen.

De aanwezigheid van een kern en membraangebonden organellen wordt beschouwd als een belangrijke evolutionaire vooruitgang waardoor eukaryoten complexer en diverser konden worden dan prokaryoten.