Tijdens de pre-implantatieperiode is het embryo minder gevoelig voor teratogenen, omdat het uit een relatief klein aantal totipotente cellen bestaat. Dit betekent dat elke cel het potentieel heeft om zich te ontwikkelen tot elk type cel in het lichaam. Als een of meer cellen door een teratogen worden beschadigd, kunnen de andere cellen dit compenseren en zich normaal blijven ontwikkelen.

Na implantatie wordt het embryo gevoeliger voor teratogenen. Dit komt omdat de cellen zich beginnen te differentiëren en zich specialiseren in verschillende soorten cellen. Als een bepaalde cel wordt beschadigd door een teratogen, kan deze mogelijk zijn gespecialiseerde functie niet uitoefenen, wat kan leiden tot een geboorteafwijking.

Het type geboorteafwijking dat optreedt, hangt af van het specifieke teratogen en het ontwikkelingsstadium waarin het embryo wordt blootgesteld. Sommige teratogenen kunnen meerdere geboorteafwijkingen veroorzaken, terwijl andere slechts één defect kunnen veroorzaken.

Het is belangrijk dat vrouwen tijdens de zwangerschap blootstelling aan bekende teratogenen vermijden, vooral tijdens het eerste trimester, wanneer het embryo het meest kwetsbaar is.