- Stikstofbase:Nucleotiden bevatten een stikstofbase, die een purine kan zijn of een pyrimidine . Purines hebben een dubbelringige structuur, terwijl pyrimidines een enkelringige structuur hebben. De vijf belangrijkste stikstofbasen die in nucleotiden worden aangetroffen, zijn adenine (A), cytosine (C), guanine (G), thymine (T) en uracil (U).

- Pentosesuiker:Nucleotiden bevatten ook een pentosesuiker, een suiker met vijf koolstofatomen. De pentosesuikers die in nucleotiden worden aangetroffen, zijn ribose en deoxyribose. Ribose wordt aangetroffen in RNA-nucleotiden, terwijl deoxyribose wordt aangetroffen in DNA-nucleotiden.

- Fosfaatgroep:Nucleotiden bevatten een fosfaatgroep die aan de pentosesuiker is bevestigd. Fosfaatgroepen hebben een negatieve lading, wat bijdraagt ​​aan de algehele negatieve lading van nucleotiden.