Lineaire chromosomen worden alleen in sommige Actinomyceten aangetroffen. Streptomyces is een Gram-positieve bacterie met een hoog GC-gehalte. Het heeft een lineair chromosoom variërend van 6 tot 10 Mb groot, en verschillende cirkelvormige plasmiden met een totale grootte van 1-10% van het chromosomale DNA. Streptomyceten vertonen een complexe levenscyclus met aseksuele en seksuele groeifasen en staan ​​bekend om hun uitgebreide productie van chemisch diverse bioactieve secundaire metabolieten.

Het is noodzakelijk om het chromosoom te lineariseren om individuele replicons opgelost te krijgen in de pulsveldgel. De replicons worden door CHEF gescheiden op basis van grootte. Het wordt meestal gedurende een lange periode uitgevoerd, vaak 20-30 uur, om een ​​goede resolutie te krijgen.

Hier zijn de stappen voor het vouwen van een lineair chromosoom van Streptomyces:

1. Bereid de agarosegel voor. Maak een 1% agarosegel in 0,5X TBE-buffer.

2. Laad het DNA-monster. Meng het DNA-monster met 6X laadbuffer en laad het op de agarosegel.

3. Laat de gel lopen. Laat de gel gedurende 20-30 uur bij 14°C werken bij 2 V/cm.

4. Visualiseer het DNA. Vlek de gel met ethidiumbromide en visualiseer het DNA onder UV-licht.

5. Vouw het chromosoom. Het lineaire chromosoom van Streptomyces zal verschijnen als een enkele grote band op de gel. Om het chromosoom te vouwen knip je het bandje uit de gel en plaats je deze op een stukje Parafilm.

6. Vouw de Parafilm meerdere keren over het chromosoom totdat deze compact is opgevouwen.

7. Bewaar het chromosoom. Het gevouwen chromosoom kan bij -20°C of -80°C worden bewaard.

Opmerking: Zorg ervoor dat u handschoenen en oogbescherming draagt ​​wanneer u met ethidiumbromide werkt. Ethidiumbromide is mutageen en kankerverwekkend.