Verzamel gegevens :Verzamel DNA- of eiwitsequentiegegevens van een diverse groep organismen, inclusief de organismen van belang en enkele outgroups ter vergelijking.

Uitlijning van meerdere reeksen :Lijn de reeksen uit om een ​​uitlijning van meerdere reeksen te creëren. Bij deze uitlijning moet rekening worden gehouden met de volgorde en gelijkenis van nucleotiden of aminozuren.

Selecteer een methode voor het bouwen van bomen: Kies een fylogenetische boomopbouwmethode, zoals Maximale waarschijnlijkheid, Neighbour-Joining of Bayesiaanse gevolgtrekking. Elke methode maakt gebruik van verschillende algoritmen en statistische benaderingen om evolutionaire relaties te berekenen.

Constructie van de boom :Gebruik de geselecteerde methode om de evolutionaire boom te construeren. De output zal gewoonlijk een diagram of cladogram zijn dat de vertakkingspatronen en evolutionaire relaties tussen de bestudeerde organismen weergeeft.

Bootstrap-analyse (optioneel) :Voer bootstrapping uit om de statistische ondersteuning voor de vertakkingspatronen in de boom te beoordelen. Bij Bootstrap-analyse worden de gegevens herhaaldelijk opnieuw bemonsterd om meerdere bomen te creëren, waarbij voor elke vertakking statistische betrouwbaarheidswaarden (d.w.z. bootstrap-waarden) worden verkregen.

Wortel de boom :Identificeer en specificeer de wortel van de boom. Dit is doorgaans een voorouderlijk knooppunt of een outgroup die de meest recente gemeenschappelijke voorouder van alle organismen in de boom vertegenwoordigt.

Interpreteer de boom :Analyseer de vertakkingspatronen en lengtes om evolutionaire relaties, divergentietijden en potentiële gemeenschappelijke voorouders af te leiden. Identificeer clades (groepen organismen die een gemeenschappelijke voorouder delen) en de evolutionaire geschiedenis van de bestudeerde soort.

Verfijn de structuur (optioneel) :Als er aanvullende gegevens beschikbaar komen of als er andere parameters worden gebruikt, kan de boom worden verfijnd of bijgewerkt om de nauwkeurigheid en resolutie te verbeteren.