Tris, of tris (hydroxymethyl) aminomethaan, is een gebruikelijke biologische buffer, die gedurende het gehele DNA-extractieproces wordt gebruikt. Tijdens extractie uit een willekeurig aantal bronnen is DNA pH-gevoelig. Tijdens cellysis, verwijdering van ongewenste cellulaire componenten en neerslag, wordt tris gebruikt om een stabiele pH te handhaven. Bovendien speelt het een bijzonder belangrijke rol bij cellysis.

TL; DR (te lang; niet gelezen)

DNA-extractie is een pH-gevoelig proces en het gebruik van een trisbuffer helpt de pH stabiel te houden ten opzichte van cellysis en extractie.
Tris als buffer

Aangezien de pH een aantal cellulaire factoren kan beïnvloeden en worden beïnvloed, is het handhaven van een stabiele pH essentieel voor de experimentele wetenschap. Biologische buffers, zoals tris, zijn belangrijk omdat ze een stabiele pH kunnen handhaven ondanks invloeden die anders de pH zouden kunnen verschuiven. Tris (hydroxymethyl) aminomethaan, met een pKa van 8,1, is een effectieve buffer tussen pH 7 en 9. Vanwege zijn neutrale bereik is tris een veelgebruikte buffer in biologische laboratoria. Tris-buffer is echter temperatuurgevoelig en moet worden gebruikt bij de temperatuur waarbij het oorspronkelijk werd gepoederd om onnauwkeurigheid te voorkomen.
Lysis van cellen

Lysis, of het openbreken van de cellen, is de eerste stap van DNA extractie. Dit wordt bereikt door een buffer die tris en EDTA (ethyleendiaminetetra-azijnzuur) bevat. EDTA bindt tweewaardige kationen zoals calcium en magnesium. Omdat deze ionen de integriteit van het celmembraan helpen handhaven, destabiliseert ze met EDTA het membraan. Tris is de belangrijkste buffercomponent; zijn hoofdrol is het handhaven van de pH van de buffer op een stabiel punt, meestal 8,0. Bovendien heeft tris waarschijnlijk een wisselwerking met de LPS (lipopolysaccharide) in het membraan, wat dient om het membraan verder te destabiliseren.
Tris beschermt het DNA tegen pH-verschuivingen

Wanneer de cellen worden gescheiden, morsen hun DNA en inhoud in de buffer. Bovendien zijn RNase A (vernietigt RNA), proteasen (vernietigt eiwitten) en SDS (natriumdodecylsulfaat, lost de membraanfragmenten op) vaak op. Samengevat kan deze soep van cellulaire inhoud en gefragmenteerde RNA en eiwitten een grote invloed hebben op de pH van de oplossing. Omdat DNA pH-gevoelig is, is het belangrijk voor Tris om de soep te bufferen en de pH op een stabiel punt te houden.
DNA-neerslag

In de laatste fase van DNA-extractie wordt het DNA zelf geëxtraheerd uit de oplossing. Op dit punt is het DNA oplosbaar in de buffer. Om uit de oplossing te extraheren, wordt het DNA onoplosbaar gemaakt door toevoeging van ethanol of isopropanol (isopropylalcohol). Wanneer dit is gebeurd, wordt het DNA duidelijk in oplossing als een witte, draadvormige substantie. Hoewel DNA op deze manier uit de resterende cellulaire componenten kan worden geïsoleerd, is het niet "bruikbaar" wanneer het onoplosbaar is. Na isolatie wordt de alcohol verwijderd en moet DNA worden teruggevoerd naar een biologische buffer, zoals tris, om te worden gebruikt.
Doe het zelf

Hoewel DNA-extractie gewoonlijk wordt gedaan in onderzoekslaboratoria, meestal met behulp van een van een aantal in de handel verkrijgbare kits kan iedereen thuis DNA-extractie doen met gewone huishoudelijke artikelen en groene erwten of spinazie. In dit geval is tris, noch enige biologische buffer, aanwezig om het DNA tegen pH-verschuivingen te beschermen. Het is echter een visuele manier om studenten te helpen verbinding te maken met cellulair DNA