Er zijn echter twee belangrijke problemen met deze traditionele theorie:

1- Het fossiele bewijs laat zien dat complex leven niet op deze manier is ontstaan. Organismen verschijnen plotseling in het fossielenbestand – al complex.

2- De darwinistische concurrentie tussen soorten kan niet de enige motor zijn geweest van de evolutie van de complexiteit, aangezien het de concurrentie binnen soorten was – evenals de samenwerking tussen hun cellen – die de evolutie van de complexiteit mogelijk maakte.

Een inside-out theorie van complexiteitsevolutie overwint deze problemen.

Het idee van een ‘binnenstebuiten’-evolutie van biologische complexiteit suggereert dat genomen zelf complexiteitsevolutie kunnen ondergaan.

Het gaat om concurrentie en samenwerking tussen zelfzuchtige genetische elementen binnen het genoom, en niet zozeer tussen soorten.

Bijvoorbeeld transposons zijn repetitieve DNA-sequenties die binnen een genoom kunnen bewegen. Transposons kunnen gunstige en schadelijke effecten hebben op het genoom en bijdragen aan de evolutie.

Bovendien zijn genomen complexe systemen die zichzelf organiseren en nieuwe genetische en epigenetische veranderingen creëren. Deze veranderingen leiden tot nieuwe fenotypes, die natuurlijke selectie op organismeniveau kunnen ondergaan. Dit inside-out-mechanisme biedt een uitgebreidere verklaring voor de evolutionaire oorsprong van complexe biologische systemen.