(Phys.org) —VK Oxford Nanopore Technologies heeft een belofte waargemaakt die twee jaar geleden is gedaan om een ​​goedkope genoomsequencer te produceren die is gebaseerd op nanopore-technologie. David Jaffe, met het Broad Institute meldde vorige week aan een publiek op de Advances in Genome Biology and Technology-bijeenkomst in Florida dat hij door Oxford Nanopore is gevraagd om het nieuwe apparaat uit te proberen, genaamd de MinION, en vond het veelbelovend.

Oxford Nanopore Technologies zorgde in 2012 voor opschudding in de wereld van de biologische wetenschappen toen vertegenwoordigers van het bedrijf aankondigden dat het onderzoeksteam met succes een sequencing-apparaat had gemaakt op basis van nanopore-technologie en dat kort daarna een goedkoop prototype zou worden geleverd aan onderzoekers buiten het bedrijf. Het bedrijf had blijkbaar moeite om zijn poriëntechnologie op te voeren en moest op zoek naar alternatieve materialen - dus de vertraging van twee jaar.

Nanopore-sequencing is waar enkele strengen DNA door een porie worden getrokken - terwijl elk basenpaar door de porie gaat, wordt de geleidbaarheid ervan gemeten - informatie die kan worden gebruikt voor identificatie door een computer. Het voordeel van deze aanpak is dat in ieder geval in principe elke strenglengte kan worden gesequenced.

De MinION is nog niet te koop - op dit moment stelt het bedrijf prototypes beschikbaar aan een select aantal notabelen op het gebied van genoomsequencing - elk zal $ 1000 moeten opbrengen als aanbetaling voor de eer. Het apparaat wordt aangesloten op een poort van een computer, die de verwerking doet. Samen met het apparaat die is vergeleken met de grootte van een pakje kauwgom, Oxford Nanopore Technologies stuurt DNA-monsters mee die onderzoekers kunnen gebruiken om te leren hoe ze het nieuwe apparaat moeten gebruiken. ze kunnen alles op volgorde zetten wat ze willen. Bij het testen van strengen van twee soorten bacterieel DNA die naar hem werden gestuurd, Jaffe meldt gemengde resultaten te hebben — in sommige gevallen werden lange stukken gegevens correct verkregen, maar in andere waren er enkele fouten. Om het volledige genoom van een soort bacterie te assembleren, bijvoorbeeld, hij moest ook een sequencing-apparaat gebruiken dat door een ander bedrijf was gemaakt. Hij merkte op dat hij optimistisch is over het apparaat, echter, aangezien vertegenwoordigers van Oxford Nanopore hem hebben verzekerd dat foutenpercentages kunnen worden verminderd met behulp van bepaalde technieken, zelfs als verbeteringen aan het apparaat in het laboratorium worden uitgewerkt.

Als de foutenpercentages met behulp van de MinION tot een praktisch niveau kunnen worden teruggebracht, het apparaat zou een keerpunt kunnen markeren in het rangschikken van edelstenen, omdat het een apparaat zou zijn dat zou kunnen worden gedragen en gebruikt voor veldwerk. En hoewel de kosten van een dergelijk apparaat niet zijn aangekondigd, Oxford Nanopore heeft herhaaldelijk termen gebruikt als goedkoop en betaalbaar om het te beschrijven, wat aangeeft dat het veel minder zal kosten dan andere sequencing-apparaten die momenteel op de marker staan, zodra het klaar is voor verkoop.

© 2014 Fys.org