Veel studenten in de wetenschap begrijpen het basisidee van het vergelijkende experiment, omdat de naam 'vergelijkend experiment' zichzelf grotendeels verklaart. Studenten zouden gelijk hebben bij het definiëren van een vergelijkend experiment als een experiment dat de effecten van twee behandelingen vergelijkt. Maar zoals bijna alles in de wetenschap, heeft het vergelijkende experiment voor- en nadelen. Studenten moeten deze aspecten op een diep niveau begrijpen voordat ze het vergelijkende experiment zelf volledig begrijpen.
De juiste vraag stellen

Volgens Penn State begint een vergelijkend experiment met een vraag of hypothese die vraagt hoe twee of meer behandelingen beïnvloeden sommige reacties. Wanneer een wetenschapper het verschil wil weten tussen de effecten van behandeling A en behandeling B op afhankelijke variabele C, zal hij een experiment uitvoeren waarbij alle voorwaarden hetzelfde zijn, op één na: de behandeling - A of B - gegeven naar het onderwerp. Na ontvangst van de resultaten van het experiment, kan de wetenschapper het verschil in de afhankelijke variabele C voor elke behandeling vergelijken, met de conclusie dat de ene behandeling effectiever is dan de andere of dat beide behandelingen ongeveer dezelfde effectiviteit hebben.
De toetsen

De sleutels tot een vergelijkende behandeling zijn controle en randomisatie. Controle verwijst naar het constant houden van alle andere variabelen die de uitkomst kunnen beïnvloeden. Een vergelijkend experiment waarbij de effecten van twee diëten met verschillende voedingswaarde op de groei van muizen worden vergeleken, moet er bijvoorbeeld voor zorgen dat de muizen tegelijkertijd eten, ongeacht welk dieet ze moeten eten. Randomisatie verwijst naar het willekeurig toewijzen van de proefpersonen, zoals muizen, aan de twee of meer behandelingsgroepen. Deze randomisatie zorgt voor geldige conclusies en statistische analyse voor alle behandelingen.
Het voordeel

Voor veel wetenschappelijke studenten is het vergelijkende experiment tijdbesparend. Standaard, niet-vergelijkende experimenten maken gebruik van een "controle", die verwijst naar een groep proefpersonen die geen behandeling of een placebo krijgen. Wetenschappers die niet-vergelijkende experimenten uitvoeren in hun onderzoek, moeten het experiment twee keer uitvoeren, eenmaal met elke behandeling. Voor veel experimenten kan het uitvoeren van slechts één experiment echter een opmerkelijke kostenpost zijn, zowel in tijd als in geld. Zo kan een vergelijkend experiment een wetenschapper de moeite besparen om middelen toe te wijzen aan een tweede run met een andere behandeling.
Een nadeel

Vergelijkende behandelingen hoeven geen controle te bevatten, wat een probleem als beide behandelingen vergelijkbare resultaten opleveren. Als bijvoorbeeld twee verschillende injecties leiden tot een vergelijkbare hoeveelheid verhoogde activiteit bij muizen, kan een wetenschapper in de verleiding komen om te concluderen dat beide geïnjecteerde geneesmiddelen effectief zijn in het aanzetten tot activiteit. De waarheid is dat de wetenschapper zonder een controle geen dergelijke conclusie kan trekken, omdat andere factoren de verhoogde activiteit van de muizen kunnen beïnvloeden, zoals angst voor de injectie of door wetenschappers worden behandeld. Een vergelijkend experiment is over het algemeen beperkt om de relatieve effectiviteit van de ene behandeling ten opzichte van de andere te concluderen