Naaldbomen produceren wel bloemen, maar ze zijn niet zo opzichtig of kleurrijk als de bloemen van veel bloeiende planten. De bloemen van naaldbomen worden kegels genoemd. Mannelijke en vrouwelijke kegels worden geproduceerd op afzonderlijke takken van de boom. De mannelijke kegels produceren stuifmeel, terwijl de vrouwelijke kegels zaden produceren.

De zaden van naaldbomen worden gemaakt in de vrouwelijke kegels. Elke vrouwelijke kegel bevat een aantal schubben, en elke schubben dragen twee eitjes. De eitjes worden bevrucht door stuifmeel van de mannelijke kegels, en de bevruchte eitjes ontwikkelen zich tot zaden. De zaden worden verspreid door de wind of door dieren.