Penguins verschenen voor het eerst in het Paleoceen -tijdperk , die deel uitmaakt van de paleogene periode . Deze periode begon ongeveer 66 miljoen jaar geleden, direct na het uitsterven van de dinosaurussen.

Het is belangrijk op te merken dat de vroegste pinguïnfossielen heel anders zijn dan moderne pinguïns. Ze waren veel groter en hun vleugels waren niet zo aangepast om te zwemmen.