Een atoom ruthenium (Ru) bevat 44 protonen en 44 elektronen. Het aantal protonen in de kern van een atoom bepaalt het atoomnummer en identificeert het element. Ruthenium heeft een atoomnummer van 44, wat betekent dat elk atoom ruthenium 44 positief geladen protonen bevat. Om de elektrische neutraliteit te behouden, moet een atoom een ​​gelijk aantal positief geladen protonen en negatief geladen elektronen hebben. Daarom bevat een rutheniumatoom ook 44 negatief geladen elektronen.