Functionele groepen worden zo genoemd omdat ze een karakteristieke chemische functie verlenen aan het organische molecuul waaraan ze gehecht zijn. Deze unieke reactiviteit komt voort uit de specifieke chemische eigenschappen van de atomen die aanwezig zijn in de functionele groep. Verschillende functionele groepen kunnen aanleiding geven tot verschillende functionele eigenschappen, waardoor de oplosbaarheid, zuurgraad, basiciteit of deelname aan verschillende chemische reacties van het molecuul veranderen. Ze regelen in wezen de moleculaire interacties en bepalen het algehele chemische gedrag van organische verbindingen.

De term "functionele groep" geeft aan dat de aanwezigheid van deze specifieke groepen onderscheidende chemische functionaliteiten en reacties mogelijk maakt. Hun karakteristieke eigenschappen maken selectieve targeting en modificatie van moleculen mogelijk tijdens chemische synthese, medicijnontwerp of materiaalontwikkeling. Functionele groepen kunnen specifieke reacties ondergaan die kunnen worden voorspeld en geëxploiteerd, waardoor ze essentiële componenten worden bij het begrijpen en ontwerpen van het gedrag van organische moleculen.