Sinds de geboorte van structurele biologie, Röntgenkristallografie is de meest gebruikte techniek om de driedimensionale structuur van biomoleculen te bepalen, de chemische verbindingen die in levende organismen worden aangetroffen. In dit verband, kennis van de interacties tussen de biomoleculen met hun kristalomgeving en de moleculaire krachten die de kristallen stabiliseren zou dienen om deze techniek te optimaliseren.

Een studie gepubliceerd in het tijdschrift Chemo en uitgevoerd door onderzoekers van het Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona) is de eerste die stabiele simulaties van DNA-kristallen bereikt. Deze prestatie heeft de wetenschappers in staat gesteld om het belang uit te leggen van de chemische additieven die experimenteel worden gebruikt om geschikte kristallisatieomstandigheden en stabiele kristallen in het laboratorium te bereiken.

"De eerste die profiteert van deze studie is de gemeenschap van biofysici en computationele fysici/chemici, die nu een referentie en duidelijke protocollen hebben om stabiele simulaties van DNA-kristallen te bereiken, " zegt Pablo D. Dans, postdoctoraal onderzoeker bij IRB Barcelona.

Onder leiding van Modesto Orozco, hoofd van het Molecular Modeling and Bioinformatics lab, de studie presenteert de meest gedetailleerde atomaire beschrijving van de eigenschappen van DNA-kristallen tot nu toe.

"Op de lange termijn, de simulatie van verschillende kristallen verkregen in een reeks experimentele omstandigheden zou ons in staat moeten stellen om het effect van een bepaald chemisch additief te anticiperen en te voorspellen, dus dienen om kristallografen te begeleiden bij hun experimenten en de kosten en tijd die nodig zijn om de kristallen te verkrijgen aanzienlijk te verminderen, " zegt Modesto Orozco, wiens lab een internationale referentie is in bimoleculaire berekening en simulatie.