In een primeur voor plantenvirologie, een team van CIRAD heeft onlangs nanopore-technologie gebruikt om de volledige genomen van twee yam-RNA-virussen te sequensen. Deze weinig gebruikte maar veelbelovende moleculaire biologietechniek maakt de weg vrij voor nieuwe hulpmiddelen voor velddiagnose van planten, ziekten bij dieren en mensen.

een nieuwe, hoge doorvoer, draagbare sequencing-techniek is de afgelopen jaren ontwikkeld voor gezondheidsdoeleinden voor mens en dier. Het gebruikt mobiele laboratoria om vrijwel onmiddellijk virussen zoals ebola of zika te diagnosticeren, in het veld. Diagnose is snel en vroeg, waardoor het niet nodig is om besmette monsters over te brengen.

"De technologie wordt gekenmerkt door de productie van lange nucleotidesequenties, die het mogelijk maakt om het volledige virale genoom te sequensen, "Philippe Roumagnac, een viroloog bij CIRAD, verklaart. CIRAD was een van de eerste laboratoria ter wereld die het gebruik ervan in plantenvirologie heeft getest en gevalideerd. "Met behulp van een zieke yamplant, het kostte ons slechts een paar uur om het volledige genoom van twee enkelstrengs RNA-virussen te sequensen, een macluravirus en een potyvirus, ’ vult zijn collega Denis Filloux aan.

Net als bij menselijke virologie, het feit dat de techniek nu gevalideerd is in een laboratorium voor plantenvirologie maakt de weg vrij voor realtime, mobiele detectie van chronische, seizoensgebonden of opkomende plantenvirussen, zelfs in afgelegen gebieden. Door de tijd die verstrijkt tussen monstername en diagnose te verkorten, de technologie helpt epidemiosurveillancenetwerken om schadelijke organismen in een eerder stadium op te sporen.