In de 19e eeuw stond taxonomie – de classificatie van levende organismen – centraal in de biologie. Terwijl natuuronderzoekers bezig waren met het catalogiseren van kevers en andere macroscopische soorten, werden micro-organismen grotendeels over het hoofd gezien. Sindsdien hebben de ontwikkelingen op het gebied van microscopie, moleculaire biologie en genomica ons begrip van het microbiële leven dramatisch vergroot en de manier waarop we het classificeren verfijnd.

Componenten van taxonomie

De moderne taxonomie berust op drie kernpijlers:

• Nomenclatuur – het toekennen van een unieke, gestandaardiseerde naam aan elk organisme.
• Classificatie – het groeperen van organismen in hiërarchische categorieën op basis van gedeelde kenmerken, die morfologisch, biochemisch of genetisch kunnen zijn.
• Identificatie – bepalen waar een bepaald exemplaar binnen de classificatieboom past met behulp van diagnostische kenmerken.

De taxonomische hiërarchie varieert van de breedste rang, het domein , tot en met het meest specifieke:de soort . De volgorde is:domein, koninkrijk, phylum, klasse, orde, familie, geslacht, soort. De menselijke afstamming is bijvoorbeeld Eukarya> Animalia> Chordata> Mammalia> Primates> Hominidae> Homo> sapiens.

Micro-organismen en domeinen

Micro-organismen worden gedefinieerd door hun kleine omvang in plaats van door een bepaalde structuur of functie. Ze omvatten alle drie de domeinen van het leven:Bacteriën, Archaea en Eukarya. Zowel Bacteria als Archaea bestaan ​​uitsluitend uit eencellige, prokaryote organismen die geen kernmembraan hebben. Bijgevolg is elk koninkrijk, fylum, klasse, orde, familie, geslacht en soort binnen deze domeinen een micro-organisme.

Eencellige protisten

Binnen het Eukarya-domein is het koninkrijk Protista gereserveerd voor eencellige organismen die een echte kern bezitten. Protisten zijn gegroepeerd in drie belangrijke phyla:algen (vier phyla), protozoa (vier phyla) en schimmels (twee phyla). Elke protist is een microscopisch kleine eukaryoot, hoewel veel eukaryoten, zoals bomen en mensen, meercellig zijn en niet als protisten worden beschouwd.

Microscopische schimmels

Het koninkrijk Fungi, ook binnen Eukarya, omvat verschillende microbiële phyla. Zygomycota bevat bijvoorbeeld microscopisch kleine broodschimmels, terwijl Ascomycota gisten, plantpathogenen en parasieten bevat. Korstmossen illustreren de complexe relaties die kunnen ontstaan, aangezien het symbiotische samenstellingen zijn van een schimmel en een fotosynthetische partner, die vaak meerdere koninkrijken of zelfs domeinen bestrijken.