Dit is waarom:

* endosymbiotische theorie: De heersende theorie van eukaryotische evolutie stelt dat mitochondriën ooit vrij levende bacteriën waren die werden overspoeld door een grotere prokaryotische cel. In de loop van de tijd ontwikkelde zich een symbiotische relatie, waarbij de bacteriën energie bieden (door cellulaire ademhaling) en de gastheercel die bescherming en hulpbronnen biedt.

* overeenkomsten met bacteriën: Mitochondria bezitten hun eigen DNA (mtDNA), dat cirkelvormig en vergelijkbaar is in structuur als bacterieel DNA. Ze hebben ook hun eigen ribosomen, die meer op bacteriële ribosomen lijken dan op die gevonden in het cytoplasma van eukaryotische cellen.

* Onafhankelijke replicatie: Mitochondria kan onafhankelijk van de gastheercel repliceren, wat het idee verder ondersteunt dat ze ooit vrij levende organismen waren.

Terwijl andere organellen zoals chloroplasten (in plantencellen) ook de endosymbiotische theorie ondersteunen, zijn mitochondriën de primaire organel die sterk bewijs levert voor de evolutie van eukaryotische cellen uit prokaryotische cellen.