Dit is waarom:

* Prokaryoten missen een kern en andere membraangebonden organellen. Het endomembraansysteem is een netwerk van interne membranen dat de nucleaire envelop, endoplasmatisch reticulum, Golgi -apparaat, lysosomen, vacuolen en blaasjes omvat. Deze structuren zijn allemaal afwezig in prokaryotische cellen.

* Prokaryotische cellen zijn eenvoudiger van structuur. Ze hebben een enkel cirkelvormig chromosoom in een nucleoïde gebied, maar dit gebied is niet ingesloten door een membraan. Prokaryotische cellen vertrouwen op hun celmembraan voor veel van de functies uitgevoerd door interne organellen in eukaryotische cellen.

Hoewel prokaryoten interne membranen hebben, hebben ze daarom niet het complexe, onderling verbonden netwerk van membranen dat een endomembraansysteem definieert.