1. Primaire structuur: Dit verwijst naar de lineaire sequentie van aminozuren in de polypeptideketen. Het is net als het alfabet van het eiwit en de volgorde van zijn bouwstenen bepaalt.

2. Secundaire structuur: Dit omvat de lokale vouwing van de polypeptideketen in specifieke vormen, voornamelijk alfa-helices en Beta-sheets , vanwege waterstofbinding tussen ruggengraatatomen. Het is net als de woorden gevormd uit het alfabet.

3. Tertiaire structuur: Dit beschrijft de algehele driedimensionale vorm van een enkele polypeptideketen, als gevolg van interacties tussen R-groepen (zijketens) van de aminozuren. Deze interacties omvatten hydrofobe interacties, waterstofbruggen, ionische bindingen en disulfidebruggen. Het is net als de zin die uit de woorden is geconstrueerd.

4. Quaternaire structuur: Dit verwijst naar de opstelling van meerdere polypeptideketens (subeenheden) binnen een eiwit. Het is net als de paragraaf bestaande uit meerdere zinnen. Niet alle eiwitten hebben een quaternaire structuur, omdat sommige bestaan uit slechts een enkele polypeptideketen.

Deze organisatieniveaus zijn hiërarchisch en bouwen op elkaar voort. De primaire structuur bepaalt de secundaire, tertiaire en quaternaire structuren. De specifieke conformatie van een eiwit bepaalt de functie ervan.