Lichtmicroscopen:

* Samengestelde lichtmicroscopen: Het meest basale type, deze microscopen gebruiken zichtbaar licht en lenzen om objecten te vergroten. Ze kunnen tot 1000x vergroten en worden gebruikt voor het bekijken van dunne plakjes weefsel, cellen en kleine organismen.

* stereomicroscopen (ontleden microscopen): Deze microscopen bieden een driedimensionale weergave van objecten en zijn nuttig voor het onderzoeken van grotere monsters, zoals insecten of planten. Ze hebben een lagere vergroting dan samengestelde lichtmicroscopen (meestal 10x tot 40x).

* Fasecontrastmicroscopen: Deze microscopen verbeteren het contrast van transparante objecten door verschillen in brekingsindex te benutten. Dit is met name handig voor het bekijken van levende cellen en weefsels zonder vlekken.

* fluorescentiemicroscopen: Deze microscopen gebruiken fluorescerende kleurstoffen om specifieke structuren in cellen of weefsels te verlichten. De kleurstoffen absorberen licht bij één golflengte en stoten licht uit op een langere golflengte, waardoor onderzoekers specifieke moleculen of processen kunnen visualiseren.

Elektronenmicroscopen:

* transmissie -elektronenmicroscopen (TEM): Deze microscopen gebruiken een bundel elektronen om een afbeelding te maken. TEM's kunnen een veel hogere vergroting bereiken dan lichtmicroscopen (tot 1 miljoen keer) en worden gebruikt om de interne structuur van cellen en andere kleine objecten te bestuderen.

* Scanning -elektronenmicroscopen (SEM): Deze microscopen gebruiken een gerichte elektronenstraal om het oppervlak van een monster te scannen. SEM's bieden gedetailleerde afbeeldingen van de oppervlaktetopografie en zijn nuttig voor het bestuderen van de externe kenmerken van cellen en andere objecten.

Andere gespecialiseerde microscopen:

* Confocale microscopen: Deze microscopen gebruiken lasers om een monster te scannen en scherpe afbeeldingen van specifieke vlakken erin te maken. Ze worden gebruikt voor het bestuderen van dikke monsters en kunnen worden gebruikt om 3D -reconstructies te maken.

* atomaire krachtmicroscopen (AFM): Deze microscopen gebruiken een scherpe sonde om het oppervlak van een monster te scannen. AFM kan een resolutie op atoomschaal bereiken en wordt gebruikt om de topografie en eigenschappen van oppervlakken te bestuderen.

Het specifieke type microscoop dat een bioloog gebruikt, is afhankelijk van de behandelde onderzoeksvraag. Een bioloog die de interne structuur van een bacteriecel bestudeert, kan bijvoorbeeld een TEM gebruiken, terwijl een bioloog die het oppervlak van een plantenblad bestudeert, een SEM kan gebruiken.