* resolutie: Bacteriën zijn ongelooflijk klein en meten slechts enkele micrometer in diameter. Lichtmicroscopen, hoewel nuttig voor het bekijken van grotere cellen en micro -organismen, missen de resolutie om de gedetailleerde interne structuren van bacteriën te zien. TEM's gebruiken een bundel elektronen in plaats van licht en bieden een veel hogere resolutie die visualisatie van structuren zoals ribosomen, DNA en interne membranen mogelijk maakt.

* dunne secties: TEM vereist het bereiden van het monster door het in extreem dunne secties te snijden (vaak minder dan 100 nanometer dik). Hierdoor kan de elektronenstraal door het monster gaan en gedetailleerde afbeeldingen van de interne structuren opleveren.

Andere soorten microscopen:

* Scanning Electron Microscopen (SEMS) zijn nuttig om de oppervlaktedetails van bacteriën in 3D te bekijken, maar ze bieden niet hetzelfde niveau van interne details als TEM's.

* lichtmicroscopen Kan worden gebruikt om de algehele vorm en grootte van bacteriën te bekijken, maar ze kunnen de interne structuren niet oplossen.

Samenvattend zijn TEM's het krachtigste hulpmiddel voor het visualiseren van de interne structuur van bacteriën vanwege hun uitzonderlijke resolutie en de mogelijkheid om dunne secties van het monster te maken.