De basis of wortel van een fylogenetische boom vertegenwoordigt de voorouderlijke populatie van waaruit alle organismen in de boom afstammen. Het is niet waar een bevolking uitsterft of momenteel leeft.

Dit is waarom:

* uitsterven: Uitvalsingsgebeurtenissen vinden plaats op verschillende punten langs de takken van een fylogenetische boom, niet noodzakelijk aan de basis. Een soort kan uitgestorven gaan lang nadat de afstamming van de voorouderlijke bevolking afwijkde.

* Moderne populaties: Moderne populaties worden vertegenwoordigd aan de tips van de takken, niet aan de basis. Ze zijn de afstammelingen van de voorouderlijke bevolking.

Zie het als een stamboom:

* basis: De oudste voorouder, de gemeenschappelijke voorouder voor alle leden van het gezin.

* takken: Verschillende lijnen binnen het gezin.

* tips: De huidige generatie familieleden.

De wortel van de fylogenetische boom laat zien waar alle levens in de boom een gemeenschappelijke voorouder delen. Terwijl je de takken omhoog gaat, zie je de diversificatie en evolutie van verschillende soorten in de loop van de tijd.