Dit is waarom:

* Gedeelde functies: Archaea en eukaryoten delen verschillende unieke functies die niet in bacteriën worden gevonden, zoals:

* Vergelijkbare genstructuren en transcriptiemechanismen

* Vergelijkbare ribosoomstructuren

* De aanwezigheid van histonachtige eiwitten die helpen bij het organiseren van DNA

* Het gebruik van vergelijkbare membraanlipiden

* Fylogenetisch bewijs: Moleculaire fylogenetische studies, met name die analyseren van ribosomale RNA -sequenties, ondersteunen sterk het idee dat Archaea en Eukarya een gemeenschappelijke voorouder delen en een clade vormen die de "tokaryoten" worden genoemd .

Hoewel bacteriën ook enkele overeenkomsten met eukaryoten delen, hebben ze een fundamenteel andere evolutionaire geschiedenis. De nauwe relatie tussen Archaea en Eukarya wordt ondersteund door een enorme hoeveelheid wetenschappelijk bewijs en wordt algemeen aanvaard binnen de wetenschappelijke gemeenschap.