* bacteriën: Dit is de meest diverse en overvloedige groep prokaryoten. Ze worden gevonden in bijna elke omgeving op aarde, inclusief bodem, water en het menselijk lichaam. Bacteriën kunnen gunstig zijn, zoals die betrokken zijn bij stikstoffixatie en voedselproductie, of schadelijk, zoals die welke ziekten veroorzaken.

* archaea: Deze prokaryoten worden vaak gevonden in extreme omgevingen, zoals warmwaterbronnen, zoutmeren en ventilatieopeningen van diepzee. Ze hebben unieke biochemische kenmerken die ze onderscheiden van bacteriën, waaronder verschillende celwandstructuren en membraanlipiden. Sommige Archaea spelen een belangrijke rol in het milieu, zoals bij de productie van methaan.