De term "kern" komt van het Latijnse woord "nucleus" , wat betekent "kernel" of "moer" . Dit is een passende descriptor omdat de kern het centrale en essentiële onderdeel van een atoom is, net zoals de kernel het centrale en essentiële onderdeel van een noot is.

De term werd voor het eerst gebruikt in de jaren 1800 om het centrale deel van een cel te beschrijven en later toegepast op het centrale deel van een atoom. Dit benadrukt de kernrol die de kern speelt in zowel biologische als atomaire structuren.