Dit is waarom:

* Northern -blotting gebruikt een agarosegel, geen polyacrylamidegel. Polyacrylamidegels worden gebruikt in SDS-PAGE (natriumdodecylsulfaat polyacrylamidegelelektroforese), die eiwitten op grootte scheidt. Formaldehyde wordt in sommige SDS-PAGE-protocollen gebruikt om de integriteit van de eiwitstructuur te handhaven.

* Northern -blotting doelen RNA, geen eiwitten. RNA wordt gescheiden door grootte met behulp van een agarosegel, geen polyacrylamidegel. Formaldehyde is niet nodig om de RNA -structuur in deze context te behouden.

Dit is wat wordt gebruikt in Northern -blotting gelbreiding:

* agarose: Een polysacharide dat een gelmatrix vormt, waardoor RNA -moleculen op grootte worden gescheiden.

* buffer: Typisch tris-borate-EDTA (TBE) of tris-acetaat-EDTA (TAE) buffer, die een geleidend medium voor elektroforese biedt.

* formaldehyde (optioneel): Formaldehyde wordt * soms * toegevoegd aan de elektroforese buffer tijdens Northern -blotting, maar dit is niet om de gel zelf voor te bereiden. Het wordt gebruikt om de RNA -moleculen te denatureren, waardoor ze door de gel migreren op basis van alleen de grootte, niet met structuur.

Samenvattend: Formaldehyde speelt geen rol bij het northern -blotting van gelbreiding. Het wordt in sommige protocollen gebruikt om RNA -moleculen te denatureren tijdens elektroforese, maar niet in de gel zelf.